Управление учреждением осуществляется в соответствии с Федеральным законом от 29.12.2012 № 273-ФЗ " Об образовании в Российской Федерации", Уставом МБОУ " Средняя общеобразовательная школа № 99"

Коллектив МБОУ " Средняя общеобразовательная школа № 99", объединяющий обучающихся, родителей (законных представителей) и педагогических работников, осуществляет свои задачи в тесном взаимодействии с представителями общественности. Управление воспитательным-образовательным процессом и руководство школой осуществляется администрацией школы и коллегиальными органами управления.

Коллегиальными органами управления школой являются Управляющий совет школы, Ученический Совет старшеклассников.